O rekonstrukci hlavní budovy muzea se rozhodlo už na začátku nového milénia. Původně byla budova architektem Josefem Schulzem navržena především pro výstavní sály bez zázemí pro provoz, ale postupem času se její značná část musela využívat především jako depozitáře. Tím došlo k významnému přetížení nosných kosntrukcí budovy, která je od roku 1968 kulturní památkou. Také fasáda byla v havarijním stavu. Rekonstrukce zachovala a obnovila všechny historické prvky budovy, výstavní prostor se zvětšil trojnásobně díky stavbě Centrálního depozitáře ve Stodůlkách, prostředí pro návštěvníky i zaměstnance se výrazně zlepšilo stejně jako prostor pro služby nabízené návštěvníkům. Po mnoha letech se veřejnosti otevřela i zahrada.